控制污染物排放許可制是依法規(guī)范企事業(yè)單位排污行為的基礎(chǔ)性環(huán)境管理制度，環(huán)境保護部門通過對企事業(yè)單位發(fā)放排污許可證并依證監(jiān)管實施排污許可制。近年來，各地積極探索排污許可制，取得初步成效。但總體看，排污許可制定位不明確，企事業(yè)單位治污責(zé)任不落實，環(huán)境保護部門依證監(jiān)管不到位，使得管理制度效能難以充分發(fā)揮。  
《環(huán)境保護法》第四十五條規(guī)定，國家依照法律規(guī)定實行排污許可管理制度。實行排污許可管理的企業(yè)事業(yè)單位和其他生產(chǎn)經(jīng)營者應(yīng)當(dāng)按照排污許可證的要求排放污染物；未取得排污許可證的，不得排放污染物。  
《大氣污染防治法》（2015年）第十九條規(guī)定，排放工業(yè)廢氣或者本法第七十八條規(guī)定名錄中所列有毒有害大氣污染物的企業(yè)事業(yè)單位、集中供熱設(shè)施的燃煤熱源生產(chǎn)運營單位以及其他依法實行排污許可管理的單位，應(yīng)當(dāng)取得排污許可證。排污許可的具體辦法和實施步驟由國務(wù)院規(guī)定。  
《水污染防治法》（2008年）第二十條規(guī)定，國家實行排污許可制度。直接或者間接向水體排放工業(yè)廢水和醫(yī)療污水以及其他按照規(guī)定應(yīng)當(dāng)取得排污許可證方可排放的廢水、污水的企業(yè)事業(yè)單位，應(yīng)當(dāng)取得排污許可證；城鎮(zhèn)污水集中處理設(shè)施的運營單位，也應(yīng)當(dāng)取得排污許可證。排污許可的具體辦法和實施步驟由國務(wù)院規(guī)定。  
《水污染防治法》（2017年）第二十一條規(guī)定，直接或者間接向水體排放工業(yè)廢水和醫(yī)療污水以及其他按照規(guī)定應(yīng)當(dāng)取得排污許可證方可排放的廢水、污水的企業(yè)事業(yè)單位和其他生產(chǎn)經(jīng)營者，應(yīng)當(dāng)取得排污許可證；城鎮(zhèn)污水集中處理設(shè)施的運營單位，也應(yīng)當(dāng)取得排污許可證。排污許可證應(yīng)當(dāng)明確排放水污染物的種類、濃度、總量和排放去向等要求。排污許可的具體辦法由國務(wù)院規(guī)定。禁止企業(yè)事業(yè)單位和其他生產(chǎn)經(jīng)營者無排污許可證或者違反排污許可證的規(guī)定向水體排放前款規(guī)定的廢水、污水。   注意：
《水污染防治法》（2017年）沒有再規(guī)定排污許可的實施步驟由國務(wù)院規(guī)定。因為《控制污染物排放許可制實施方案》（國辦發(fā)〔2016〕81號）已經(jīng)作出了規(guī)定，即分步實現(xiàn)排污許可全覆蓋。排污許可證管理內(nèi)容主要包括大氣污染物、水污染物，并依法逐步納入其他污染物。按行業(yè)分步實現(xiàn)對固定污染源的全覆蓋，率先對火電、造紙行業(yè)企業(yè)核發(fā)排污許可證，2017年完成《大氣污染防治行動計劃》和《水污染防治行動計劃》重點行業(yè)及產(chǎn)能過剩行業(yè)企業(yè)排污許可證核發(fā)，2020年全國基本完成排污許可證核發(fā)。   為實施排污許可證分類管理、有序發(fā)放，根據(jù)《中華人民共和國水污染防治法》《中華人民共和國大氣污染防治法》《國務(wù)院辦公廳關(guān)于印發(fā)控制污染物排放許可制實施方案的通知》（國辦發(fā)〔2016〕81號）的相關(guān)規(guī)定，環(huán)境保護部制定了《固定污染源排污許可分類管理名錄（2017年版）》
，其第三條規(guī)定，現(xiàn)有企業(yè)事業(yè)單位和其他生產(chǎn)經(jīng)營者應(yīng)當(dāng)按照本名錄的規(guī)定，在實施時限內(nèi)申請排污許可證。  
從《大氣污染防治法》和《水污染防治法》兩部法律的規(guī)定可以得出結(jié)論：排污許可的具體辦法也應(yīng)由國務(wù)院規(guī)定。遺憾的是，國務(wù)院目前對此并無規(guī)定。多地相繼出臺了很多排污許可證的地方性規(guī)定，如省級人民政府出臺了《甘肅省排污許可證管理辦法》、《江蘇省排放水污染物許可證管理辦法》、《河北省達(dá)標(biāo)排污許可管理辦法（試行）》、《福建省排污許可證管理辦法》、《廣東省排污許可證管理辦法》等；省級環(huán)保廳出臺了《青海省排污許可證管理暫行規(guī)定》、《新疆維吾爾自治區(qū)排污許可證管理暫行辦法》、《陜西省排污許可證管理暫行辦法》、《河南省排污許可證分級管理辦法》、《遼寧省排污許可證管理暫行辦法》…………  
《排污許可證管理暫行規(guī)定》（環(huán)水體[2016]186號）第三十七條規(guī)定：“在本規(guī)定實施前依據(jù)地方性法規(guī)核發(fā)的排污許可證仍然有效?！币簿褪钦f，依據(jù)地方政府規(guī)章或者省級環(huán)保廳文件核發(fā)的排污許可證不再有效。  
《大氣污染防治法》（2015年）第九十九條第一項規(guī)定，違反本法規(guī)定，未依法取得排污許可證排放大氣污染物的，由縣級以上人民政府環(huán)境保護主管部門責(zé)令改正或者限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治，并處十萬元以上一百萬元以下的罰款；情節(jié)嚴(yán)重的，報經(jīng)有批準(zhǔn)權(quán)的人民政府批準(zhǔn)，責(zé)令停業(yè)、關(guān)閉。  
《水污染防治法》（2017年）第八十三條第一項規(guī)定，違反本法規(guī)定，未依法取得排污許可證排放水污染物的，由縣級以上人民政府環(huán)境保護主管部門責(zé)令改正或者責(zé)令限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治，并處十萬元以上一百萬元以下的罰款；情節(jié)嚴(yán)重的，報經(jīng)有批準(zhǔn)權(quán)的人民政府批準(zhǔn)，責(zé)令停業(yè)、關(guān)閉。   這里存在一個問題：
如果一個企業(yè)未依法取得排污許可證同時排放大氣污染物和水污染物，應(yīng)該認(rèn)為一個違法行為還是兩個違法行為？筆者認(rèn)為應(yīng)該認(rèn)定為一個違法行為，因為我國排污許可實施的是綜合許可、一證式管理。實施綜合許可，是指將一個企業(yè)或者排污單位的污染物排放許可在一個排污許可證集中規(guī)定，現(xiàn)階段主要包括大氣和水污染物。一證式管理既指大氣和水等要素的環(huán)境管理在一個許可證中綜合體現(xiàn)，也指大氣和水等污染物的達(dá)標(biāo)排放、總量控制等各項環(huán)境管理要求；新增污染源環(huán)境影響評價各項要求以及其他企事業(yè)單位應(yīng)當(dāng)承擔(dān)的污染物排放的責(zé)任和義務(wù)均應(yīng)當(dāng)在許可證中規(guī)定，企業(yè)守法、部門執(zhí)法和社會公眾監(jiān)督也都應(yīng)當(dāng)以此為主要或者基本依據(jù)。更麻煩的問題是：如果一個企業(yè)未依法取得排污許可證同時排放大氣污染物和水污染物，處罰依據(jù)是《大氣污染防治法》（2015年）第九十九條第一項規(guī)定？還是《水污染防治法》（2017年）第八十三條第一項規(guī)定？筆者對此尚不能得出結(jié)論。  
《環(huán)境保護法》（2014年）第六十三條第二項規(guī)定，企業(yè)事業(yè)單位和其他生產(chǎn)經(jīng)營者違反法律規(guī)定，未取得排污許可證排放污染物，被責(zé)令停止排污，拒不執(zhí)行，尚不構(gòu)成犯罪的，除依照有關(guān)法律法規(guī)規(guī)定予以處罰外，由縣級以上人民政府環(huán)境保護主管部門或者其他有關(guān)部門將案件移送公安機關(guān)，對其直接負(fù)責(zé)的主管人員和其他直接責(zé)任人員，處十日以上十五日以下拘留；情節(jié)較輕的，處五日以上十日以下拘留。  
《行政主管部門移送適用行政拘留環(huán)境違法案件暫行辦法》（公治[2014]853號）第四條規(guī)定，《環(huán)境保護法》第六十三條第二項規(guī)定的違反法律規(guī)定，未取得排污許可證排放污染物，被責(zé)令停止排污，拒不執(zhí)行的行為，包括以下情形：（一）送達(dá)責(zé)令停止排污決定書后，再次檢查發(fā)現(xiàn)仍在排污的；（二）現(xiàn)場檢查雖未發(fā)現(xiàn)當(dāng)場排污，但有證據(jù)證明在被責(zé)令停止排污期間有過排污事實的；（三）被責(zé)令停止排污后，拒絕、阻撓環(huán)境保護主管部門或者其他具有環(huán)境保護管理職責(zé)的部門核查的。   未取得排污許可證，排放污染物的，法律后果包括責(zé)令改正或者限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治；十萬元以上一百萬元以下的罰款；責(zé)令停業(yè)、關(guān)閉；行政拘留。  
如何認(rèn)定未取得排污許可證，排放污染物的違法行為？筆者認(rèn)為應(yīng)當(dāng)依據(jù)《環(huán)境保護法》第四十五條規(guī)定，即未取得排污許可證，排放污染物的企業(yè)事業(yè)單位和其他生產(chǎn)經(jīng)營者應(yīng)當(dāng)已經(jīng)實行排污許可管理。也就是按照《國務(wù)院辦公廳關(guān)于印發(fā)控制污染物排放許可制實施方案的通知》（國辦發(fā)〔2016〕81號）和《固定污染源排污許可分類管理名錄（2017年版）》的相關(guān)規(guī)定，在實施時限逾期后仍未取得排污許可證，排放污染物的企業(yè)事業(yè)單位和其他生產(chǎn)經(jīng)營者，才能被認(rèn)定為無證排污。比如電池制造業(yè)的實施時限是2019年，實施時限內(nèi)就不宜認(rèn)定其無證排污的違法行為，因為本行業(yè)尚未實行排污許可管理。   截至目前，
法律和行政法規(guī)中尚無“未取得排污許可證排放污染物，責(zé)令停止排污”的具體規(guī)定。與之形成對比的是：《環(huán)境保護法》第十九條規(guī)定，未依法進(jìn)行環(huán)境影響評價的建設(shè)項目，不得開工建設(shè)。對未批先建的行為，依據(jù)《環(huán)境保護法》第六十一條的規(guī)定責(zé)令停止建設(shè)。被責(zé)令停止建設(shè)，拒不執(zhí)行的，依據(jù)《環(huán)境保護法》第六十三條第一項的規(guī)定移送公安機關(guān)。由此可以看出，未取得排污許可證排放污染物，沒有法律依據(jù)（如針對未批先建的行為依據(jù)《環(huán)境保護法》第六十一條或者《環(huán)境影響評價法》第三十一條責(zé)令停止建設(shè)）責(zé)令停止排污。故筆者認(rèn)為，在沒有法律、行政法規(guī)依據(jù)責(zé)令停止排污的前提下，無法作出責(zé)令停止排污決定書，也就不會有后續(xù)拒不執(zhí)行的行為，暫不能依據(jù)《環(huán)境保護法》第六十三條第二項的規(guī)定移送公安機關(guān)拘留。